鉄道貨物協会は東京に本部、全国主要都市に支部を置き、全国ネットワークにより効率的な活動を行っています。 本部では常任委員会と本部委員会が中心となって会議・研修会等を開催。全国21支部では常任幹事会・幹事会・地区輸送協議会・地区部会などの会議を開催。鉄道輸送の問題の提案と解決にあたっています 。